小微企业一直零申报，有三个季度企业所得税没有申报，税务没有给企业限改通知或消息，就可以直接罚款吗？

我为两家企业代账，都是零报税，因为一家企业收到限改消息，有第四季度企业所得税没报，我去税务处理，因为是第一次，科长也给了企业机会，开单子补报了处理完。因为害怕另一家企业也没报，所以主动想到去问问，就发现竟然有三个季度的没报，科长说没办法只有罚款两个季度，免一个季度的算初次，自己只有签单认罚了。现在请问企业一直不知道有三个季度没报，也没有得到限改消息，科长罚款合理吗？这个科长还在办公室烟不离口，现在我觉得憋屈一夜没睡好，急等回复！谢谢！