公司克扣工资

你好侓师！我在去年的上班时间出的交通事故，我全责，法院已判决公司全付对方的赔偿金。现在公司以我违反公司的规章制度为理由已连续三个月扣除了我全部工资，要求我签协议赔偿公司的部分损失，这合理吗？即使是我违规了就应该这样惩罚吗，我应该怎样做，谢谢侓师。