怀孕被扣绩效工资

办理入职手续签合同时要求我签了一份两年内不能怀孕的承诺书，我签名字确认了，5月份意外怀孕了，公司以未入职两年且备孕未及时报备公司为由，扣除了我5月份的考核工资2000元，5月份本人工作正常进行且工作量相比之前还大甚至加班，请问，我能等生完孩子之后或者离职之后去申请劳动仲裁吗？