在双方签署的工程抵押协议中,尽管关于结款期限没有明确的书面约定,但法律通常会通过分析合同的性质、交易习惯、以及相关法规来认定该合同的有效性和确定结款期限。在此情况下,该协议被视为有效,而结款期限将依据《民法典》第五百一十条、第六百二十八条规定,适用实际支付条件的推定规则,认定买受人需在接收标的物或通过协商约定的合理期限内支付价款。