父亲跟小包工头做工从高处跌落，造成高位截瘫，现在他不肯出医药费

根据法律规定，个人之间形成劳务关系,提供劳务一方因劳务受到损害的,根据双方各自的过错承担相应的责任。提供劳务期间,因第三人的行为造成提供劳务一方损害的,提供劳务一方有权请求第三人承担侵权责任,也有权请求接受劳务一方给予补偿。您父亲的事故应当向包工头主张权利，若确实存在农村厕所改造时的施工质量问题，厕所建设的单位（可能是村委会、镇政府等）也要承担责任。您父亲若在搭设脚手架时没有尽到注意义务，可能也需要承担部分责任。

目前病人还在医院，医药费没人出，后期还要康复，护理，总的费用目前没法估计，现在可以向法院起诉吗？

可以就已经发生的医疗费用向法院提起诉讼。