档案丢了违法了吗？

不违法，但是如果因为这份合同丢失会给公司造成损失，按公司的规章制度执行，可能会需要适当赔偿。 但也不要太紧张，合同一般都是一式几份，大型的工程合同都有备案，可以通过其他途径再找一份存档。