我也不知道怎么办。

确实属于盗窃，但还没达到坐牢的数额，责令赔偿改正。你可以赔偿材料钱，但是不影响索要工资

当时在派出所调节了。我现在还能要回工钱吗？

如果当时没有达成调解协议，可以继续邀请对方支付工钱。

警察也没说让我赔他材料费，而是说要么扣工钱要么拘留我，在这样情况下协议还有效吗？当时签的协议是说房东扣了我5000元钱不追究我拿他材料的事情。还有别的办法要回工钱吗？

既然已经在派出所签订了调解协议，就应当按协议履行。