员工未提前申请离职也未交接，现盘点需要赔偿缺少物品费用

员工未提前申请离职也未交接，现盘点需要共同赔偿缺少物品费用。员工不同意协商赔偿，单位未发其上月工资。现员工申请仲裁请问单位该如何操作