欠钱不还

2011年给南京海澜环保工程有限公司做的土建活，工程地点在南通海安润研光电公司厂区内，海澜环保为总包，工程没结束的时候南通润研公司倒闭，导致工程停工并且不再继续，我方经过多次与南京海澜协调，通过造价事务所把工程款算出来，现南京海澜与南通润研账已结清，我方多次催促南京海澜环保支付工程款（余款目前为52.05万），但几年来支付我方工程款以打发要饭的方式支付，今年更是直接说没有钱，有一点需要说明：工程结算金额为201.3万，我方目前没有开票，因每次要得工程款全部支付下面农民工工资。请问此种情况如果选择起诉，该如何操作？合同签约地为南京秦淮区，我方为连云港一家建筑工司，现我方公司因经营不善，已经申请破产！